Штраф за несвоевременное представление расчета 6-НДФЛ

Добрый день.  ООО на ЕНВД. У меня вопрос по отчету 6 ндфл по обособленному подразделению. За 1 квартал 2016 года отчет 6 ндфл был сдан вовремя с КПП 165035001 и принят налоговой. Когда началась отчетность за 2 квартал 2016 года отчет с этим КПП уже не был принят налоговой, т.к. КПП должен был быть другой 165045003. В итоге, позвонив в ИФНС,  мне предложили расчет за 1 квартал уточнить и обнулить. Новый расчет 6 ндфл за первый квартал сдать как первичный. Так и было сделано в августе 2016 года. И было направлено письмо с пояснениями в налоговую. Сегодня получила из налоговой АКТ о том, что отчет был сдан не вовремя и наложен штраф 3000 рублей. Можно ли написать возражение по этому поводу в ИФНС.  Спасибо заранее если сможете ответить на мой вопрос.