Добрый день! 
Исходные данные:
1. Учетной политикой организации предусмотрено определение выруч­ки от реализации по отгрузке.
2. Налоговым периодом по НДС является один месяц.
3. Оснований для прекращения обязанностей налогоплательщика НДС нет
4. В отчетном периоде отгружено продукции на сумму 506 700 руб., в том числе:
молокопродуктов — 206 700 руб.
табачных изделий с учетом акцизов —150 000 руб.
сахара - 150 000 руб.
5. Поступило на расчетный счет за реализованную продукцию 479 800 руб.
6. Получено авансов в счет финансирования по ранее заключенным до­говорам на поставку сахара — 209 800 руб.
7. Оплачено по безналичному расчету и оприходовано товарно-материаль­ных ценностей по счетам-фактурам с учетом НДС по стандартной ставке — 112 908 руб.
8. Оплачено по безналичному расчету и оприходовано товарно-материаль­ных ценностей производственного назначения по счетам-фактурам с учетом НДС  ( продовольствие) —144 559 руб.
9. Перечислено авансов смежникам — 218 907 руб.
10. 3-го числа отчетного месяца закуплено за наличный расчет по счетам-фактурам с учетом НДС по стандартной ставке на оптовой базе и оприходо­вано производственных материалов-  56890 руб..
11. 7-го числа отчетного месяца закуплено в розничной торговле за на­личный расчет — 11 440 руб.
12. Исчислен и перечислен в бюджет НДС в размере 31 961 руб.
 Задание: рассчитать размер штрафа за неполную уплату НДС, если это нарушение будет установлено налоговой проверкой и признано в судебном порядке.
 
Решение:
Определим ставки НДС на отгруженную продукцию:
Продукция сахар и молокопродукты учитываются по ставке 10 % (п. 2 ст. 164 НК РФ). Табачные изделия по ставке 18% (п. 3 ст. 164 НК РФ).
Авансы, полученные учитываются по расчетной ставке (п. 4 ст. 164 НК РФ) и т.к. в задании указан аванс на поставку сахара, то по ставке 10/110.
Рассчитаем сумму НДС к уплате:
Т.к. в условиях задачи не сказано, что суммы отгруженной продукции включают НДС, то НДС накрутим сверху:
Молокопродукты: (206 700 ∙ 10) / 100 = 20 670;
Сахар: (150 000 ∙ 10) / 100 = 15 000;
Табачные изделия с учетом акцизов: (150 000 ∙ 18) / 100 = 27 000,00;
Полученный аванс (209 800 ∙ 10) / 110 = 19 072,73
Согласно новой норме (п. 6 ст. 52 НК РФ) налог должен исчисляться в полных рублях. Если при расчете налога получилось значение с копейками, то сумму менее 50 копеек следует отбросить, а 50 копеек и более - округлить до целого рубля (п. 9 ст. 1, п. 3 ст. 6 Закона № 248-ФЗ).
Следовательно, 
НДС к уплате: по ставке 18 % равен 27000;
НДС к уплате: по ставке 10 % равен 35670;
НДС к уплате с полученных авансов по ставке 10 % равен 19 073
Итого: 27000 + 35670 + 19 073 = 81 743 руб.
Рассчитаем сумму НДС к вычету:
Покупатель вправе принять к вычету НДС, предъявленный ему продавцом, при перечислении предварительной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг) (п. 12 ст. 171 НК РФ). Одним из условий применения такого вычета является наличие договора, в котором содержится условие о предоплате (п. 9 ст. 172 НК РФ). 
ТМЦ: (112 908 ∙ 18) / 118 = 17 223,25
ТМЦ (продовольствие): (144 559 ∙ 18) / 118 = 22 051,37
Аванс смежникам: (218 907,00 ∙ 18) / 118 = 33 392,59
Производственные материалы: (56890,00 ∙ 18) / 118 = 8 678,14
Следовательно, можно принять к вычету НДС:
НДС к вычету с ТМЦ: 17223,25 + 22 051,37 + 8 678,14 = 47953;
НДС к вычету с выданных авансов: 33393
Итого 47953 + 33393 = 81346.
Поступление оплаты в размере 479 800 руб. не является основанием для вычета НДС (ст. 167 НК РФ).
НДС с покупки за наличный счет в рознице (11 440 ∙ 18) / 118 = 1745,08), можно принять НДС к вычету, если есть счет-фактура или кассовый чек с выделенной суммой НДС (п. 7 ст. 168 НК РФ). Т.к. в условиях задачи, не сказано, что есть счет-фактура или иной документ, в котором указана выделенная сумма НДС, НДС равный 1745,08 нельзя принять к вычету.

Получается, что НДС исчисленный (к перечислению в бюджет) равен 397.
Возникает вопрос, я что-то лишнее вычла, или по условию задачи они переплатили НДС.
Заранее спасибо за ответы