Здравствуйте, наше ООО имеет два магазина в разных городах, я поняла, что по ЕНВД мы должны отчитываться в две ИФНС, а как быть с остальными отчетами (ПФ, ФСС, бухгалтерская отчетность)? спасибо!

Отчетность по двум торговым точкам — Вопрос №30379 на форуме

Добрый день.
Почти все остальное сдается по месту головной организации.
По месту обособленного подразделения нужно будет еще перечислять НДФЛ с доходов сотрудников, работающих в нем.
В ту же (не головную) ИФНС подавать по итогам года и отчет 2-НДФЛ по тем самым работникам.

Не забудьте, кстати, зарегистрировать обособленное подразделение организации в другом городе.
Наберите в окне поиска слова "обособленное подразделение организации регистрировать". Или какой-то иной набор ключевых слов. Полистайте темы. Там есть еще нюансы по приему на работу сотрудников.