Здравствуйте! В штатном расписании определен оклад за полный день, совместитель по табелю отработал 40% одном месяце, 50% в другом и 30% в третьем от нормы, я должна оплатить пропорционально от оклада по штатному рассписанию?

Можно. Это такой же работник, как и все.Только трудиться он может по совместительству не более 4 часов в день (это важно).

А можно по риказу премировать совместителя?

Оплата по совместительсту — Вопрос №33756 на форуме

Добрый день.
Оплата по окладу обычно предполагает оплату за фактически отработанное время. Делите оклад на норму рабочего времени в месяце (см. производственный календарь на главной странице нашего сайта) и умножаете на количество полностью отработанных дней.
Если суммированный учет рабочего времени - считайте точно так же в часах. Только норма часов для него будет в 2 раза меньше, чем для основных работников.