А в поступлении ТРУ почему не указали? Из него автоматически и должно сформироваться. Иначе на основании каждого введенного вручную с/ф нужно формировать еще документ "запись книги покупок" (поштучно). А та галочка, о которой Вам упомянули, как раз и помешает это сделать. И все разладится у Вас в настройках.
Да. Если Вы проводите поступление товаров (материалов или услуг), обратите внимание на то, чтобы там же, в окошечке, были заполнены дата и номер счета-фактуры входящего. А потом регламентным документом "заполнение книги покупок" все мгновенно за месяц и сформируете.