Как в ЕГАИС списать остатки алкоголя, если нет марок?

Добрый день! 
У вас эти марки старого или нового образца?
Ведет ли Ваша программа (для работы с ЕГАИС) учет входящих ТТН?

Магазин Алко, марки нового образца. Входящие ТТН имеются, но в них нет марок. Либо из 50 бутылок нет 3х марок.

До полного введения поштучного учета (01.11.2020) во входящих ТТН  могли не отображаться только старые марки, но учет продукции с новыми марками всегда велся поштучно и соответственно новые марки всегда указывались в ТТН, иначе бы ТТН не была бы принята для отправки в ЕГАИС.
Т.е. если у вас сейчас на остатках в ЕГАИС на регистре 3 есть новые марки, то они могли туда попасть только из входящих ТТН, либо они могли попасть туда в случае если вы делали акт пересорта марок (добавляли одни новые марки, а списывали другие, в том же количестве).
Может быть ваша программа не показывает марки в ТТН, в этом случае можно открыть ТТН в формате "xml", либо изменить какие-то настройки в вашей программе, чтобы программа отображала марки в ТТН.
Если поступила продукция с новыми марками (код марки-150 символов) , то марки (в регистре 3) всегда привязаны к партии продукции и вы не можете сделать так, чтобы для какой-то партии продукции марок в регистре 3 было меньше, чем самой продукции в регистре 1 для данной партии. Партия определяется справкой 2 (15-ти значный идентификатор "FB"). Продукцию с новыми марками невозможно было перевести в регистр 2, даже и раньше, когда разрешались операции с регистром 2 для маркированной продукции (для старых марок). 
Продукцию с новыми марками невозможно списать актом списания без указания марок в акте списания. Потерянную или поврежденную марку необходимо вычислить. Ваша программа для работы в ЕГАИС должна вести и учет новых марок поступивших к Вам и вести учет расхода новых марок в разрезах партий (идентификаторов FB). Если сделать инвентаризацию по данной партии продукции с новыми марками, то можно вычислить какой марки не хватает и тогда вставить в акт списания эту недостающую марку, т.е. посмотреть в своей программе какие марки остались не проданными в данной партии и какие марки есть в наличии, получившуюся разницу использовать в акте списания.  Либо после продажи всей партии, в программе будет видно какая марка осталась не проданной и ее вставить в акт списания.

Магазин Алко, спасибо за развернутый ответ. 
Еще один вопрос, если алкогольная лицензия закончилась, продлевать не будем, а остатки в егаис не списали, что делать?

После окончания лицензии, или заранее, пишите письмо в лицензионный орган и они открывают вам доступ в ЕГАИС для возврата остатков поставщику или для списания.
Заявление пишите на фирменном бланке организации (в некоторых регионах, для удобства, лицензионными органами разработан свой шаблон), и ссылаетесь на пункт 5 статьи 20, №171-ФЗ. 
Пишите, чтобы вам предоставили право на хранение, и возможность действий с продукцией в ЕГАИС кроме продажи (списание в ЕГАИС, возврат поставщику). 
У лицензирующего органа субъекта есть функционал для открытия доступа к системе ЕГАИС в течение 2-х месяцев. Вам как бы выдают виртуальную лицензию с указанием вида "Временное разрешение на реализацию остатков алкогольной продукции" (тип лицензии- РРО)». Эта лицензия не оформляется на бумаге и не выдается на руки лицензиату, а нужна только для того чтобы система ЕГАИС разрешала фиксацию некоторых действий с продукцией розницы. 
После рассмотрения вашего обращения вам зафиксируют временную лицензию с ограничениями и по ней вам откроют доступ в ЕГАИС. 
Если лицензионный орган даст Вам разрешение на проведение операций в ЕГАИС с остатками, то чтобы проверить появилось ли такое разрешение, посмотрите на домашней странице УТМ. Статус лицензии РРО можно отследить на домашней странице УТМ или в реестре лицензий на сайте РАР. В УТМ статус аналогичен статусу в реестре”.