Транспортные расходы на УСН

Для подтверждения расходов по личному транспорту нужно издать приказ (принять решение) об использовании этого самого транспорта в предпринимательской деятельности.
Оформлять по всем правилам путевые листы и списывать ГСМ по нормативу.
Для принятия в расход ж/д билетов нужно оформлять командировки и авансовые отчеты по ним (если за товаром ездил наемный работник).
Если ездил сам предприниматель (что отражено в билете), то, думаю, будет достаточно того, что дата билета совпадет с датой отгрузочных документов поставщика (ну и пункты отгрузки-отъезда, соответственно, тоже должны быть одинаковы, либо очень близки).
В расходы принять можно:
Статья 346.16. Порядок определения расходов
1. При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:
13) расходы на командировки, в частности на:
проезд работника к месту командировки и обратно к месту постоянной работы;
23) расходы по оплате стоимости товаров, приобретенных для дальнейшей реализации (уменьшенные на величину расходов, указанных в подпункте 8 настоящего пункта), а также расходы, связанные с приобретением и реализацией указанных товаров, в том числе расходы по хранению, обслуживанию и транспортировке товаров.