Цитата:Ввод информации с бумажных носителей в базу электронную данных, обработка этих данных и ведение базы - это работы или услуги?


Четкого разграничения между понятия «работы» или «услуги» нет.
«Работами» обычно называют то, что подпадает под «договор подряда» (гл. 37 ГК РФ), а «услугами», то, что подпадает под «договор возмездного оказания услуг» (гл. 39 ГК РФ).
Попробуем поискать разницу в первоисточнике – ГК РФ. Читаем

Статья 702. Договор подряда
1. По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его.
...
Статья 703. Работы, выполняемые по договору подряда
1. Договор подряда заключается на изготовление или переработку (обработку) вещи либо на выполнение другой работы с передачей ее результата заказчику.
...
Статья 779. Договор возмездного оказания услуг
1. По договору возмездного оказания услуг исполнитель обязуется по заданию заказчика оказать услуги (совершить определенные действия или осуществить определенную деятельность), а заказчик обязуется оплатить эти услуги.
...


Получается, что разница между «работой» и «услугой» заключается в наличии или отсутствии овеществленного результата, который можно «передать Заказчику».

Что является результатом деятельности по «вводу информации с бумажных носителей в базу электронную данных, обработка этих данных и ведение базы»?
В какой мере можно считать базу данных овеществленным результатом?
Вопрос, к сожалению, неоднозначен.
Есть точка зрения, что база данных вполне себе «вещь» и ее, главное, можно передать заказчику – хоть на магнитном носителе, хоть через сети Интернет. Если смотреть под таким углом зрения, это «работа».
По другой точке зрения, результаты деятельности по ведению базу данных неосязаемы. Результаты этой деятельности не предполагается никому никуда передавать – они изначально находятся в ведении заказчика – исполнитель только следит за базой данных и пополняет ее, а сама база как была по адресу, установленному Заказчиком, так там и остается.
В таком понимании, это «услуги».

Я думаю, Вам надо самим посмотреть на эти «работы / услуги» с одной и с другой точки зрения. И какая точка зрения Вам покажется наиболее подходящей, ту и примите за основу. Можете привлечь к решению вопроса производственников.
Но, поскольку мы не знаем тонкостей взаимоотношения «заказчика-исполнитея» и не видим текстов договоров, нам сложно дать однозначный ответ – услуги это или работы.

Цитата:Нужно ли оставлять незавершенное производство?

О незавершенном производстве, как мне кажется, можно говорить только тогда, когда это, однозначно, работы и они еще до конца не завершены.
А если это услуги, то, как правило, незавершенка остается крайне редко. Обычно закрытие привязано к периоду – заканчивается период, закрываются услуги.
Так что, нужна ли незавершенка, решать снова Вам.

Цитата:Или закрывать 26-й счет ежемесячно в 90-й без распределения на 20-й

Как правило, 26-й счет распределяется на 20-й. Это относится и к работам и к услугам.
Но Вы можете закрепить в своей учетной политике правило единовременного списания 26-го счета в 90-й по окончанию отчетного периода (ежемесячно).

Успехов!