Как правильно оформить в трудовом договоре коммерческую тайну?

Добрый день.
Размер оплаты труда (указанный в штатном расписании) не входит в перечень информации, являющейся коммерческой тайной.
Тем более, Вы не вправе лишать работника премии на указанном Вами основании.
Другой вопрос, что величина доходов каждого конкретного гражданина может и должна защищаться, в частности, Положением о защите персональных данных. Этот документ работник обязан подписать еще ДО заключения трудового договора (так же, как и положение о коммерческой тайне).
Но в части самого себя разглашать подобную информацию - Вы не можете ему запретить.
Если только убедить, что ему и самому это не выгодно.

Федеральный закон Российской Федерации от 29 июля 2004 г. N 98-ФЗ О коммерческой тайне
Статья 5. Сведения, которые не могут составлять коммерческую тайну
Режим коммерческой тайны не может быть установлен лицами, осуществляющими предпринимательскую деятельность, в отношении следующих сведений:
1) содержащихся в учредительных документах юридического лица, документах, подтверждающих факт внесения записей о юридических лицах и об индивидуальных предпринимателях в соответствующие государственные реестры
2) содержащихся в документах, дающих право на осуществление предпринимательской деятельности;
3) о составе имущества государственного или муниципального унитарного предприятия, государственного учреждения и об использовании ими средств соответствующих бюджетов;
4) о загрязнении окружающей среды, состоянии противопожарной безопасности, санитарно-эпидемиологической и радиационной обстановке, безопасности пищевых продуктов и других факторах, оказывающих негативное воздействие на обеспечение безопасного функционирования производственных объектов, безопасности каждого гражданина и безопасности населения в целом;
5) о численности, о составе работников, о системе оплаты труда, об условиях труда, в том числе об охране труда, о показателях производственного травматизма и профессиональной заболеваемости, и о наличии свободных рабочих мест;
6) о задолженности работодателей по выплате заработной платы и по иным социальным выплатам;
7) о нарушениях законодательства Российской Федерации и фактах привлечения к ответственности за совершение этих нарушений;
8) об условиях конкурсов или аукционов по приватизации объектов государственной или муниципальной собственности;
9) о размерах и структуре доходов некоммерческих организаций, о размерах и составе их имущества, об их расходах, о численности и об оплате труда их работников, об использовании безвозмездного труда граждан в деятельности некоммерческой организации;
10) о перечне лиц, имеющих право действовать без доверенности от имени юридического лица;
11) обязательность раскрытия которых или недопустимость ограничения доступа к которым установлена иными федеральными законами.