Оплата больничного листа с 2011

Возможно с ними будет так же, как со спецрежимниками. ЕНВД и УСН в 2009 и 2010 взносы в ФСС не платили, но могут приносить справки о з/плате, как если бы эти взносы платились. Надо Вам в ФСС консультироваться.
Но особого повода для волнений у Вас, как у бухгалтера, нет. Заботиться о размере своего пособия теперь должен сам застрахованный. Будет справка с предыдущего места работы - учтете, нет - посчитаете из МРОТ.

Информация из СПС К+:

Правоотношения в системе обязательного социального страхования на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством регулируются Федеральным законом от 29.12.2006 N 255-ФЗ "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством" (далее - Закон N 255-ФЗ).
Для назначения и выплаты пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам застрахованное лицо представляет листок нетрудоспособности, выданный медицинской организацией по форме и в порядке, которые установлены Минздравсоцразвития России, а для назначения и выплаты указанных пособий территориальным органом страховщика также сведения о среднем заработке, из которого должно быть исчислено пособие, и определяемые Минздравсоцразвития России документы, подтверждающие страховой стаж. Основание - ч. 5 ст. 13 Закона N 255-ФЗ и п. 1 Положения о Министерстве здравоохранения и социального развития Российской Федерации, утвержденного Постановлением Правительства РФ от 30.06.2004 N 321.
Согласно ч. 3 ст. 16 Закона N 255-ФЗ правила подсчета и подтверждения страхового стажа устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере социального страхования, то есть Минздравсоцразвития России.
Правила подсчета и подтверждения страхового стажа для определения размеров пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, утвержденные Приказом Минздравсоцразвития России от 06.02.2007 N 91 (далее - Правила), дополнены п. п. 2.1 и 19.1 на основании Изменений, вносимых в Приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 6 февраля 2007 года N 91 "Об утверждении Правил подсчета и подтверждения страхового стажа для определения размеров пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам", утвержденных Приказом Минздравсоцразвития России от 11.09.2009 N 740н. Указанные Изменения вступили в силу с 1 января 2010 г.
В силу п. 2.1 Правил в страховой стаж наравне с периодами работы и (или) иной деятельности, которые предусмотрены п. 2 Правил, засчитываются периоды прохождения военной службы, а также иной службы, предусмотренной Законом РФ от 12.02.1993 N 4468-1 "О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу, службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семей" (далее - Закон N 4468-1).
Периоды прохождения военной службы, а также иной службы, предусмотренной Законом N 4468-1, подтверждаются военными билетами, справками военных комиссариатов, воинских подразделений, архивных учреждений, записями в трудовой книжке, внесенными на основании документов, и другими документами, содержащими сведения о периоде прохождения службы. Это следует из п. 19.1 Правил.

Соответственно, надо, чтобы Ваш работник принес справки о зарплате за предыдущие годы. Не принесет - начислите больничный, исходя из минималки.

входит

необходимо считать 2 величины: с учётом армейского стажа по 2007 год включительно, и со всем стажем.

Разница относится в таблицу "за счёт федерального бюджета"

и есть оговорка: у форм справки о довольствии есть утверждённая форма (какую дадут, такая и пойдёт). Вот её и приложите.