Возмещение транспортных расходов по командировке

Здравствуйте! У нас научное бюджетное учреждение. Есть отдел сотрудники, которого постоянно ездят в командировки в г.Сочи и г.Нижний Новгород. Часто бывает, что подтверждающих документом на проезд у них нет. Объяснется это тем (со слов директора), что они какими-то своими способами добирались до места командировки. В авансовом отчете заполняются только суточные и проживание (бывает и без проживания). Мы обязаны им оплачивать проезд и в каком размере, если они не предоставляют документов, подтверждающих расходы на проезд? Спасибо!