Один покупатель выделил НДС, другой оплатил наличными. Сколько КУДиР ИП при ОСНО должен завести?

Добрый день. КУДиР должна быть одна.
Покупатель, как правило, производит оплату только после того, как ему указали, за что заплатить, сколько и куда. То есть, выставили документы.
Посмотрите, как выглядят Ваши первичные документы. Если в них везде справедливо выделен НДС, требуйте от покупателей правильного оформления назначения платежа. Или его уточнения, если уже перечислили неверно.
Если Вы сами ошибочно выставили документы без НДС - Ваша ошибка. От перечисления налога в бюджет она Вас не освобождает. Попробуйте договориться с покупателем и документы заменить.
Если же в части сдачи помещений в аренду Вы подпадаете под ЕНВД, то следует вести раздельный учет по разным режимам налогообложения. Об этом на нашем форуме писали немало: набейте в окне поиска ключевые слова и почитайте предложенные темы.