Оформление работника на основании патента в 1С

Добрый день!
Прямой связи между тем, что иностранец оплатил патент в части НДФЛ перед устройством к вам на работу,  и тем, какие страховые взносы в фонды вы за него должны уплачивать, нет. 
Для целей страховых взносов важно к категории застрахованных лиц он относится. Или он не застрахован.

Иностранные лица, относящиеся к ЕАЭС - Евразийский экономический союз (Белоруссия, Казахстан, Армения и скоро Кыргызстан), априори считаются застрахованными, все. И за них взносы уплачиваются как за россиян (ФСС-2,9, например).
По отношению к гражданам Таджикистана такого правила нет. Но в то же время...  За временно-пребывающего таджика в ФСС придется уплачивать по ставке -1.8%.
К числу застрахованных лиц с 2015г присоединились все иностранные граждане кроме ВКС (высоко-квалифицированных специалистов), в том числе, временно-пребывающие. На каждого иностранца должна быть получена карточка СНИЛС (свидетельство пенс.фонда о застрахованности ). И персонифицированные сведения с 2015г на таких иностранцев надо будет подавать (на них распространен персонифицированный учет), и с января уплачивать взносы. Причем независимо от того, трудовой ли договор заключен, хоть на 1 месяц (теперь срок трудового договора не влияет на необходимость начислять страховые взносы), хоть гражданско-правовой или авторский договор.

Надо определиться со страховым статусом работника: временно-пребывающий ли он, временно-проживающий ли он, но главное, ВКС ли он..? это и нужно указать в программе (в карточке, где гражданство для целей в системе страхования).
В принципе, отражать данные по работнику пока также, как и в последние пару лет.