Оформление документов при осуществлении перевозки по платной дороге

Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться.
Мы оказываем транспортно-экспедиционные услуги своим транспортом и с использованием услуг перевозчиков. ОСНО. По заявке сторонней организации мы оказали услугу силами перевозчика. Перевозка была осуществлена с использованием платной дороги. Сбор за проезд по этой дороге уплатили мы, документы оформлены на нас. В договоре с перевозчиком указано, что уплата сборов, пошлин и т.п. платежей, взимаемых с автотранспортных предприятий в соответствии с законодательством РФ - это его обязанность, а не наша. 
Как нам теперь лучше оформить документы, чтобы не было претензий со стороны ИФНС?
Лучше зачесть сумму сбора в счет оплаты перевозчику (тогда какие проводки составить), или переделать договор, изменив этот пункт на то, что сборы оплачивает заказчик, а не перевозчик, т.е. мы, и спокойно поставить на затраты?
Сумма сбора за проезд по с-ф: 2265,14 + 407,73 (НДС 18%) = 2672,87 руб.

Добрый день!
Спасибо за совет не пользоваться платными дорогами, но если по бесплатной дороге нужно сделать крюк в 400 км, и при этом ехать практически по бездорожью, думаю вопрос о целесообразности такого выбора не будет возникать.
Думаю, не нарушу правила форума, заметив, что Ваш ответ не содержит информации по моему вопросу, касающемуся уже совершенной хозяйственной операции и оформлению документов по ней.

Прошу прощения, но из Вашего ответа мне так и непонятно: все-таки, сумма за проезд - это наши расходы, или нужно на эту сумму уменьшить оплату перевозчику (то есть, зачесть)?

Спасибо.