Необходимо ли выделить персональную надбавку из суммы оклада?

Конечно же, есть.
Ведь при расчете среднего заработка необходимо учесть все предусмотренные системой оплаты труда выплаты (в том числе надбавку персональную), ведь она у Вас предусмотрена системой оплаты труда! 
Одно дело, когда человек получает только оклад 5000, а другое - когда он получает оклад и надбавка (50%), т.е. 7500. Соответственно, в расчет среднего заработка входит у одного 5000, а у другого - 7500. Есть же разница, так ведь?

Постановление Правительства 922.
2. Для расчета среднего заработка учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя, независимо от источников этих выплат. К таким выплатам относятся:
а) заработная плата, начисленная работнику по тарифным ставкам, окладам (должностным окладам) за отработанное время;
б) заработная плата, начисленная работнику за выполненную работу по сдельным расценкам;
в) заработная плата, начисленная работнику за выполненную работу в процентах от выручки от реализации продукции (выполнения работ, оказания услуг), или комиссионное вознаграждение;
г) заработная плата, выданная в неденежной форме;
д) денежное вознаграждение (денежное содержание), начисленное за отработанное время лицам, замещающим государственные должности Российской Федерации, государственные должности субъектов Российской Федерации, депутатам, членам выборных органов местного самоуправления, выборным должностным лицам местного самоуправления, членам избирательных комиссий, действующих на постоянной основе;
е) денежное содержание, начисленное муниципальным служащим за отработанное время;
ж) начисленные в редакциях средств массовой информации и организациях искусства гонорар работников, состоящих в списочном составе этих редакций и организаций, и (или) оплата их труда, осуществляемая по ставкам (расценкам) авторского (постановочного) вознаграждения;
з) заработная плата, начисленная преподавателям профессиональных образовательных организаций за часы преподавательской работы сверх установленной и (или) уменьшенной годовой учебной нагрузки за текущий учебный год, независимо от времени начисления;
(в ред. Постановления Правительства РФ от 15.10.2014 N 1054)
и) заработная плата, окончательно рассчитанная по завершении предшествующего событию календарного года, обусловленная системой оплаты труда, независимо от времени начисления;
к) надбавки и доплаты к тарифным ставкам, окладам (должностным окладам) за профессиональное мастерство, классность, выслугу лет (стаж работы), знание иностранного языка, работу со сведениями, составляющими государственную тайну, совмещение профессий (должностей), расширение зон обслуживания, увеличение объема выполняемых работ, руководство бригадой и другие;
(в ред. Постановления Правительства РФ от 15.10.2014 N 1054)
л) выплаты, связанные с условиями труда, в том числе выплаты, обусловленные районным регулированием оплаты труда (в виде коэффициентов и процентных надбавок к заработной плате), повышенная оплата труда на тяжелых работах, работах с вредными и (или) опасными и иными особыми условиями труда, за работу в ночное время, оплата работы в выходные и нерабочие праздничные дни, оплата сверхурочной работы;
м) вознаграждение за выполнение функций классного руководителя педагогическим работникам государственных и муниципальных образовательных организаций;
(в ред. Постановления Правительства РФ от 15.10.2014 N 1054)
н) премии и вознаграждения, предусмотренные системой оплаты труда;
о) другие виды выплат по заработной плате, применяемые у соответствующего работодателя.
3. Для расчета среднего заработка не учитываются выплаты социального характера и иные выплаты, не относящиеся к оплате труда (материальная помощь, оплата стоимости питания, проезда, обучения, коммунальных услуг, отдыха и другие).