Тонкости в работе 1С

Проводки, обратные отгрузке:
Было : Дт 62 Кт 90.1
Дт 90.2 Кт 43
Дт 90.3 Кт 68
Возврат:
Дт 90.1 Кт 62
Дт 43 Кт 90.2 (здесь нужно смотреть причину возврата)
Дт 68 Кт 90.3

Не совсем так. Такими проводки будут, если это возрат товара (брак). Иначе - такие же как при реализации.

Уточните, Вы поставщик и Вам возвращают, или Вы возвращаете?

Нет, мы возвращаем товар из розничной торговли.