На какую сумму выставить авансовый счет-фактуру, если отгрузка произошла в течение 3-х дней и использована не вся сумма аванса?

Добрый день,
Счет-фактуру на аванс выставляете на всю сумму полученного аванса 2,5млн. (подп. 2 п. 1 ст. 167 НК). В момент отгрузки, часть аванса закроется, НДС с этой сумму примете к вычету (п. 8 ст. 171 НК, п. 6 ст. 172 НК)
Посмотрите темы: Момент определения налоговой базы по НДС
Является ли ошибкой оформление счетов-фактур на аванс в конце квартала?
Каковы сроки выставления счета-фактуры на аванс?

Да, в течение 5 дней, но не через 5 дней.

Я тоже думаю, что на 2,5 млн. 
Но вот такой момент. Всем клиентам мы выставляем СФ на аванс на 5-й день, что соответствует законодательству или по крайней мере Разъяснениям Минфина. Могу ли я только в этом случае выставить на 2-й день, например, что бы указать всю сумму, т.е. 2,5 млн. руб? В нашей ситуации получается, что одна сумма авансового платежа делится на две части, частично закрытую отгрузкой в течение 3-х дней, и незакрытую отгрузкой на конец квартала. 
Клиент просит только на сумму остатка. Т.е. получается, что если отгрузка не полностью "покрывает" аванс до истечения 5-ти дневного срока, то выписывать авансовую СФ нужно на свю сумму? Какие нормами и разъяснениями законодательства можно аргументировать этот вариант?
Спасибо.

Да, это будет соответствовать Налоговому кодексу:
на второй день будет не позднее  пяти календарных дней, считая со дня получения сумм оплаты
Он неправ. Действуйте в соответствии с НК.Да
Я их привела в своем ответе выше  (подп. 2 п. 1 ст. 167 НК). Так же настоятельно рекомендую все же перейти по ссылкам, которые предложила выше, не хочется из темы в тему писать одно и то же, поэтому предлагаю темы, в которых это уже написано.

Если читать НК РФ, то на сумму остатка вы не можете составить счет фактуру, потому что в ст 169 НК РФ п. 5.1 сказано, что «В счете-фактуре, выставляемом при получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих должны быть указаны:
 3) номер платежно-расчетного документа;
5) сумма оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав» А у вас нет документа по банку, в котором указана сумма остатка после произведенных отгрузок
 
Если читать МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПИСЬМО от 10 ноября 2016 г. N 03-07-14/65759, то можно
« В случае если в течение пяти календарных дней, считая со дня получения предварительной оплаты (частичной оплаты), осуществляется отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг, передача имущественных прав) в счет этой оплаты (частичной оплаты), то счета-фактуры по предварительной оплате (частичной оплате) выставлять покупателю не следует.»

Когда вы сами для себя определите порядок выставления счетов фактур на аванс занесите его в учетную политику по НУ и следуйте ее положениями со всеми контрагентами. Как  в программе 1 - с в настройках выбирается  порядок выставления счетов фактур на аванс

geomech, 
Спасибо огромное!

Olga_22, Рада была помочь. Удачи Вам.

Добрый день.
А если отгрузка происходит в последние дни квартала? Не забываете включить в налоговую базу прошлого квартала (ст. 167 НК)?