Правовые основания для списания с лицевых счетов задолженности по налогам и пени начисленным до истечения срока на их взыскание отсутствуют.

Начисление пеней на сумму недоимки, срок взыскания которой истек неправомерно, так как в соответствии с нормами статей 46 и 75 НК РФ уплата пеней является дополнительной обязанностью налогоплательщика, помимо обязанности по уплате налога, которая исполняется одновременно с обязанностью по уплате налога либо после исполнения последней. Исполнение обязанности по уплате пеней не может рассматриваться в отрыве от исполнения обязанности по уплате налога. Если истекли пресекательные сроки взыскания задолженности по налогу, пени не могут служить способом обеспечения исполнения обязанности по уплате налога и с этого момента также не подлежат начислению и взысканию. Аналогичное мнение было выражено в Постановлении ФАС СЗО от 22 декабря 2009 г. по делу N А05-6789/2009.

В Постановлении Президиума ВАС РФ от 1 сентября 2009г. N 4381/09 указано, что в справке о состоянии расчета с бюджетом должно быть указано на невозможность взыскания недоимки и начисленных на нее пеней.

Таким образом, Вам необходимо на основании официального запроса получить из инспекции справку, о состоянии расчетов с бюджетом в которой содержатся сведения о недоимке и пени и периоде их начисления. Установив, что пени начислены, в том числе и за период после истечения срока на взыскание инспекцией недоимки, можно обратиться в суд с заявлением об оспаривании справки в части отсутствия в ней сведений о невозможности взыскания недоимки и начисленных на нее пеней и признании незаконным начисления пени после истечения срока на взыскание недоимки.

Согласно позиции изложенной в Определении ВАС РФ от 12 октября 2009 г. N ВАС-12785/09 наличие в документах внутриведомственного учета сведений о налоговых платежах, суммах недоимки и задолженности по пеням и штрафам, само по себе не нарушает прав и законных интересов общества до тех пор, пока данные сведения не указываются в справках, получаемых налогоплательщиком для участия в различных экономических мероприятиях, как тендеры, получение кредитов и т.п.
Таким образом, до обращения в суд можно обратиться в банк за кредитом и получить отказ в связи с наличием недоимки и пени. Тогда суд признает, что справка инспекции нарушает Ваши права в сфере предпринимательской деятельности и удовлетворит Ваши требования.