Как списать остатки отсутствующего товара в ЕГАИС?

Добрый день!
 У Вас видимо это продукция со старыми марками не стоящая на поштучном учете и коды марок не сохранились.
В этом случае Вы можете списать с указанием причин, для которых не требуется указание марок.
Возможно указание следующих причин:
1."Недостача" (Недостача (хищение, злоупотребление материально ответственных лиц, ошибки учета, естественная убыль,...)),
2."Уценка" (Уценка (списание) в результате порчи),
3."Порча" (Списание объема продукции, не подлежащей дальнейшей реализации (бой, срок годности, порча)),
4."Потери" (Потери при транспортировке),
5."Иные цели" (Списание продукции, когда ФСМ/АМ не возможно считать)
Технически ограничений на списание в ЕГАИС нет, можно списывать любые количества. Но из практики, например по рознице, известно, что если объемы таких списаний превышают месячный оборот, то могут попросить объяснить почему так много списывается.

Если покупатель подписал накладные о приеме товара, не оплатил поставку, но в ЕГАИС сделал отказ, то Вы можете подать в суд с требованием к покупателю оплатить поставку, в случае если не нарушен срок давности.

Магазин Алко,
Да, это продукция со старой маркой(не стоящая на поштучном учете)

Покупатель сделал отказ от ТТН в ЕГАИС, он мог каким-то образом реализовать через ЕГАИС этот товар и тем самым создать у себя минусовые остатки по ЕГАИС? 

Не будет ли это нарушением, если покупатель этот товар как-то продал, а теперь еще мы сделаем на этот товар списание?

И можно ли списать только через ЕГАИС (документом Акт о списании товаров ЕГАИС), т.к по остаткам 1С этого товара нет и мы не можем создать акт списания в 1С(основание для Акта списания ЕГАИС)?

В акте списания (с соответствующими причинами) Вы не указываете марки, т.к. Вы их не можете знать. Списывать недостачи и потери со своих остатков в ЕГАИС Вы можете.
Покупатель мог продать эту продукцию со второго регистра, а во втором регистре при этом должны были образоваться минусы по этой продукции.
Если в рознице до сих пор не погасили минусы по второму регистру при продаже именно этой продукции , то Вы можете сделать новую накладную без указания марок, розница ее примет и погасит минусы, а у Вас произойдет списание этой продукции с остатков ЕГАИС. Нарушением будет то, что у Вас не будет фактической перевозки продукции.
Но возможно, что в рознице уже погасили минусы в регистре 2 постановкой этой продукции на баланс во второй регистр.

Списание в ЕГАИС должно сопровождаться бумажным актом списания, т.к. первичным является бумажный документ.
Бумажный акт списания Вы можете сделать не в программе 1С.  Росалкоголь не будет интересовать в какой программе Вы его сделали.
Электронный акт списания в ЕГАИС Вы можете отправить с домашней страницы УТМ.