При заключении договора между ИП и иностранной компанией нужно иметь на руках акты выполненных работ?

Добрый день!
Уточните, пожалуйста, какого рода это "работы". Может быть, это "услуги"?
И еще, кто Вы в этом договоре, "заказчик" или "исполнитель"?

Понятно.
Конечно, самый надежный вариант - наличие оригиналов актов выполненных работ непосредственно сразу после их подписания обеими сторонами.
Далее попробую предложить варианты по мере уменьшения "надежности":
- оперативное наличие копий ежемесячных актов, а оригиналы пересылаются с определенной периодичностью. Ведь они должны быть на момент проверки. Тех оригиналов, которых нет на момент проверки, можно переслать срочным образом;
- написать в договоре возможность пересылки актов электронным способом, по факсы и т.п.;
- написать в договоре, что работы (услуги) считаются выполненными, если заказчик присылает сообщение о получении результата работ и в течение стольки-то дней не заявит об отказе от приема этих работ (услуг).

Есть вариант очень продвинутый - использовать обмен электронными документами с электронно-цифровой подписью. В рамках внутрироссийского документообмена этот вариант отработан, например в системе "Диадок".
Я не знаю, возможен ли такой вариант при обмене с иностранными клиентами. Советую спросить об этом в специальном разделе нашего форума: https://www.buhonline.ru/forum/index?g=topics&f=43
Думаю, что для вас, как "айтишников", это может быть весьма интересным вариантом. Главное, что это абсолютно законный и надежный вариант.

Успехов!