Прежде всего, я хотел бы обратить внимание на мнение чиновников по этому вопросу, выраженное, например, в достаточно «свежем» письме Минфина России от 10. 02.10 № 03-03-06/1/59. Читаем отрывок из него:

1. В соответствии с п. 1 ст. 252 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты (а в случаях, предусмотренных ст. 265 Кодекса, убытки), осуществленные (понесенные) налогоплательщиком.
Под документально подтвержденными расходами понимаются затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством Российской Федерации, либо документами, оформленными в соответствии с обычаями делового оборота, применяемыми в иностранном государстве, на территории которого были произведены соответствующие расходы, и (или) документами, косвенно подтверждающими произведенные расходы (в том числе таможенной декларацией, приказом о командировке, проездными документами, отчетом о выполненной работе в соответствии с договором). Расходами признаются любые затраты при условии, что они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.
В соответствии с п. 7 ст. 255 Кодекса для целей налогообложения прибыли учитываются фактические расходы на оплату проезда работников и лиц, находящихся у этих работников на иждивении, к месту использования отпуска на территории Российской Федерации и обратно (включая расходы на оплату провоза багажа работников организаций, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях) в порядке, предусмотренном действующим законодательством, - для организаций, финансируемых из соответствующих бюджетов, и в порядке, предусмотренном работодателем, - для иных организаций.
В случае оформления проездных документов электронными пассажирскими билетами необходимо руководствоваться следующим.
Пунктом 2 Приказа Минтранса России от 08.11.2006 N 134 "Об установлении формы электронного пассажирского билета и багажной квитанции в гражданской авиации" установлено, что маршрут/квитанция электронного пассажирского билета и багажной квитанции должна быть оформлена на утвержденном в качестве бланка строгой отчетности пассажирском билете и багажной квитанции или дополнительно к оформленной не на бланке строгой отчетности маршрут/квитанции должен быть выдан документ, подтверждающий произведенную оплату перевозки, оформленный на утвержденном бланке строгой отчетности или оформленный посредством контрольно-кассовой техники (чек).
Таким образом, при приобретении работником авиабилета, оформленного в бездокументарной форме, - электронной маршрут/квитанции электронного пассажирского билета (электронного авиабилета) для поездок на территории Российской Федерации и за рубеж подтверждающими документами являются в части:
а) произведенных расходов по оплате:
- чек контрольно-кассовой техники;
- слипы, чеки электронных терминалов при проведении операций с использованием банковский карты, держателем которой является подотчетное лицо;
- подтверждение кредитного учреждения, в котором открыт подотчетному лицу банковский счет, предусматривающий совершение операций с использованием банковской карты, проведенной операции по оплате электронного авиабилета;
- или другой документ, подтверждающий произведенную оплату перевозки, оформленный на утвержденном бланке строгой отчетности;
б) факта произведенной перевозки:
- распечатка электронного документа - электронная маршрут/квитанция электронного пассажирского билета (электронного авиабилета) на бумажном носителе с одновременным представлением посадочного талона, подтверждающего перелет подотчетного лица по указанному в электронном авиабилете маршруту.
...
Заместитель директора Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики
С.В.РАЗГУЛИН


Таким образом, Вам надо разобраться, какой подтверждающий оплату документ у Вас есть. Был бы «обычный» билет (бланк строгой отчетности), вопросов бы не было. Всё зависит от того, как вы оплачивали билет? В любом случае при оплате у Вас должен остаться документ, подтверждающий оплату. Если платили безналичным путем – платежное поручение. Платили наличными – должна быть квитанция (на бланке строкой отчетности) или чек ККТ.
Так что посмотрите, как платили и какой документ подтверждает эту оплату.

Успехов!