Добрый день.

1С:Предприятие 8.3 (8.3.22.1851)
Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.131.34)
Зарплата и управление персоналом (базовая), редакция 3.1 (3.1.24.408)

Ведем зарплату в программе 1С ЗУП 3.1 с последующей выгрузкой в 1С Бух 3.0.

В 1С ЗУП 3.1 в документе на выплату зп за февраль 2023 г. отразили возврат НДФЛ сотруднику в размере 129 руб. (сумму к выплате увеличили на 129 руб., НДФЛ к перечислению уменьшили на 129 руб. и она равняется нолю). 
В итоге: НДФЛ исчисленный = 8 123 руб., НДФЛ удержанный = 8 252 руб., НДФЛ перечисленный = 8 252 руб., НДФЛ излишне удержанный налоговым агентом = 129 руб.

В 1С Бух 3.0 НДФЛ к уплате = 8 123 руб.

Подскажите, пожалуйста, верно ли понимаю, что сумма к оплате НДФЛ с зп за февраль 2023 г. будет 8 252 руб. и сумма в уведомлении по НДФЛ тоже 8 252 руб.? Если да, то почему сумма к уплате в 1С Бух 3.0 стоит 8 123 руб.?

Кажется поняли в чем дело. 
В 1С Бух 3.0 переносятся данные по НДФЛ исчисленному, поэтому сумма 8 123 руб.
В 1С ЗУП 3.1 следующая выплата: "Аванс", а в документе ведомость на выплату аванса (у нас ведомость на выплату зп за первую половину марта 2023 г. ) не реализован зачет НДФЛ, поэтому необходимо от руки править по сотруднику сумму к выплате и НДФЛ к перечислению и после выгрузки этих данных в 1С Бух 3.0 НДФЛ должен выровняться.

Хотела бы уточнить, что в 1С ЗУП 3.1 редакции 3.1.24.408, разработчики реализовали зачет НДФЛ в ведомости на выплату аванса.
Поэтому получилось: сумма к выплате исправилась уже в ведомости на выплату зп за февраль, в ведомости на выплату аванса за март (на выплату зп за первую половину марта) уменьшили только НДФЛ к перечислению на сумму переплаты.
Остался один вопрос, поэтому задам его в другой теме.