По путевому листу расход топлива больше, чем фактически куплено организацией по топливной карте: является ли это доходом организации?

Добрый день!
Это чисто расчетная величина: пробег в км умноженный на норму расхода топлива.
К фактическому расходы топлива этот расчет не имеет прямого отношения.
Если куплено бензина меньше, чем по расчету из путевого листа, то в расходы принимается фактически купленное топливо. И всё.
Кто ездил на этом топливе, никакого значения не имеет.
Может быть, он ездил по дорогам с хорошим покрытием на экономичной скорости без пробок. поэтому фактический расход оказался меньше, чем по расчету. И что, теперь ему доплатить за экономию топлива? Такой доплаты ещё не придумали.
Или он мог долить канистру своего бензина из "запасной" канистры. Документов на это бензин нет, значит, никаких расходов на эту канистру Вы отразить не можете. Ну и забудьте об этом.
Есть ещё один вариант, который я в 90-е годы наблюдал в одном таксопарке (из старых советских таксопарков). К ним периодически приезжал бензовоз с военными номерами и продавал бензин за полцены. Естественно, без документов.
Может быть, и Ваш директор решил сэкономить и купил дешёвого ворованного бензина. 
Вы же не будете ему оформлять покупку этого бензина, хотя бы потому, что у него документов на него нет.

Так что, приходуйте тот бензин, которые по топливной карте. Главное, чтобы количество его там не превышало нормативный расход по путевому листу.

Успехов!

Да, "расчетное нормативное".