ООО заключило процентный договор займа с ИП: можно ли вернуть заем ИП как физлицу?

Добрый день.
Но ИП невозможно отделить от физического лица, он только им всегда и является.
Что Вы имеете в виду? Возврат займа на карточный счёт, открываемый обычному ФЛ, а не на расчётный счёт ИП, с которого займ был получен? Или что-то иное?

Именно расчётные счета открывают только физлицам со статусом ИП. Правда банки не всегда оперативно закрывают их после снятия ИП с учёта.
В обсуждаемом случае займодавцем утрачен статус ИП или сохранён? Проверить это легко можно по записям в ЕГРИП.
Когда договор заключается с ИП, обязанность по уплате налогов с процентов возлагается на самого займодавца. А когда он перестаёт быть ИП, в договор необходимо вносить изменения, потому что уже у заёмщика возникают обязанности налогового агента по НДФЛ. И в этой части вам необходимо прояснить свою ситуацию.
А то, на какой счёт (открытый на ИП или на обычное физлицо) возвращается сумма займа, принципиального значения не имеет.

Тогда я и вовсе не понимаю, в чём проблема.  Так у ООО в базе только один контрагент - этот ИП. И раздвоиться на ИП и ФЛ он не может.

Обычным путём покажет - как оплату, поступившую на банковский счёт ИП.
И даже если этот счёт открыт на него как на физлицо, это не отменяет обязанности ИП учитывать доходы от своей предпринимательской деятельности в полном соответствии с применяемой системой налогообложения.