Наличие расчетного счета у филиала определяется его полномочиями осуществлять операции по банковскому счету. Обычно филиал имеет право оплачивать со своего р/с налоги и иные обязательные платежи. А остальные платежи осуществляет головная организация.Даже в документах пишут Грузополучатель - филиал, Плательщик - голова. Поэтому Вам надо ставить КПП головы.
С какого счета платите, тот КПП автоматически и будет поставлен в платежке. Платежку с другим КПП в банке не возьмут. Счет в банке "привязан" к филиалу или к головному подразделению. Поэтому, как я понимаю, выбора у Вас и не нет.
Подключиться к системе «Диадок» для электронного документооборота с контрагентами