Отношения ООО с самозанятым признаны трудовыми: как самозанятому быть с уплаченным НПД?

Здравствуйте, у моего клиента произошла следующая ситуация с самозанятым. Клиент - ООО, в штате один из сотрудников оформил самозанятость и предоставлял услуги по строительно-монтажным работам. В силу не знания всех особенностей закона о самозанятых ни работодателем, ни сотрудником, помимо трудового договора они заключили договор на оказание услуг. Все расчеты производились через банк, поэтому налоговая сразу увидела нарушение. Ведь самозанятый не может оказывать свои услуги работодателю как минимум в течение 2-х лет. Теперь ООО обязали доначислить НДФЛ и страховые взносы на все выплаты самозанятому сотруднику. Финансовый вопрос стоит остро, сумма доначисления приличная. Но это ситуация со стороны ООО, а как же она должна быть рассмотрена со стороны самозанятого... Он уже оплатил НПД, а теперь его доход признан трудовым заработком, и работодатель планирует удержать с него НДФЛ для перечисления в налоговую. Но даже без удержания, если работодатель сам оплатит этот НДФЛ, получается с 1 суммы налоги оплатятся 2 раза - НПД и НДФЛ. Я не встречала в своей практике такой ситуации. Подскажите, пожалуйста, что и кому в этом случае делать с НПД?