Действуют несколько КБК для перечисления платежей за пользование природными ресурсами — по одному на каждый вид негативного воздействия на окружающую среду. У разных платежей — разные главные администраторы доходов бюджета, и у каждого свое значение разрядов с 1-го по 3-й. Например, у платы за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными объектами главным администратором является Росприроднадзор (1-3 разряды принимают значение 048). У платы за пользование водными биологическими ресурсами по межправительственным соглашениям — Федеральное агентство по рыболовству (1-3 разряды принимают значение 076). У платы за пользование водными объектами, находящимися в федеральной собственности — Федеральное агентство водных ресурсов (1-3 разряды принимают значение 052) и т.д.